Генетический анализ "тест Яско"

[eNochka]

По поводу биопсии-мне кажется, что очень хорошо иметь клинические данные по биопсии мышц и анализ цереброспинальной жидкости на аминокислоты-смотреть по результатам гены, кодирующие метаболизм этих веществ, смотреть по ним полиморфизмы и литературу.

Да, это другой путь постановки диагноза. Но и при биопсии возможны различные тесты. И их делают, отталкиваясь от предварительного диагноза. И если предполагалось не то, то и нужные тесты на нужные ферменты/вещества при биопсии могут и не сделать...

[eNochka]

@Sonic, тем более.

И в OMIM для этого rs в качестве причины заболевания только замена С на Т описана (и в ClinVar тоже). Гомозигота.

[eNochka]

@steriks2, можешь прислать мне на почту  ваш файл txt с данными от 23andme. Я посмотрю ваш генотип. Или сама посмотри.

[Sonic]

@eNochka, а если такая картина: есть ген, варианты  в котором приводят к очень похожей клинике, но именно патогенных вариантов не обнаружено.Нужно ли пытаться дополнить клиническую картину с помощью биохимических анализов (как это организовать- другой вопрос).

[eNochka]

@Sonic, если вариант хотя бы VUS, то скорее всего да.
А если лаборатория его описывает как доброкачественный или вероятно-доброкачественный, то лаборатория рекомендаций для такого дообследования, вероятно, не даст...
Если исследование инвазивное, то даже не знаю, стала бы его делать в таком случае (предположительно доброкач. вар-та) или нет. А если это, например, анализы крови какие-то, относительно доступные по цене - то я бы, наверное, делала.

[Sonic]

Вот, даже так: "The DNA analysis revealed that she was compound heterozygote involving two missense mutations (R388W and R425H) in exon 9 and exon 10 of AMPD1 gene. This is the first report of primary myoadenylate deaminase deficiency with progressive weakness and atrophy caused by novel compound heterozygous mutations of AMPD1 gene, and suggests that adenosine monophosphate deaminase is closely related not only to energy metabolism but also to the development of skeletal muscle." https://en.wikipedia.org/wiki/Adenosine_monophosphate_deaminase_deficiency_type_1

[steriks2]

@steriks2, можешь прислать мне на почту  ваш файл txt с данными от 23andme. Я посмотрю ваш генотип. Или сама посмотри.

Шлю
PS: Надь, отправила на почту gmail

[eNochka]

@Sonic, ну это же про компаунд-гетерозиготу, я про нее выше писала, это же другое. Это все равно 2(!) патогенные мутации в этом гене, при этом чтобы сказать, что это компаунд-гетерозигота, надо доказать, что обе мутации оба аллеля "нарушают" (и от отца, и от матери).
Ну и это про позиции в гене другие.

[steriks2]

@eNochka, @Sonic ,Девочки, вы монстры  У меня мозк кипит.

[Sonic]

@eNochka, если это первое описание случая, то тогда они не считались за патогенные еще?A мутация novel=de novo? или просто не описанная еще? Прошу прощения за идиотские вопросы, мне сам принцип понять надо.

[Дашу]

@Sonic, ну это же про компаунд-гетерозиготу, я про нее выше писала, это же другое. Это все равно 2(!) патогенные мутации в этом гене, при этом чтобы сказать, что это компаунд-гетерозигота, надо доказать, что обе мутации оба аллеля "нарушают" (и от отца, и от матери).
Ну и это про позиции в гене другие.

Надя, увидела знакомые слова про компаунд гетерозиготу) решила написать тебе
Если помнишь у нас как раз такой случай , и мне говорят , что носительство мужа вряд ли патогенное, а у нас болезнь вроде как от обоих родителей - как то еще я могу это проверить ?

[eNochka]

@steriks2, Юль, мне ничего не пришло до сих пор(

[steriks2]

@steriks2, Юль, мне ничего не пришло до сих пор(

Кинь мне свою почту в ЛС

#телефонирую

[eNochka]

Кинула уже, одновременно с предыдущим сообщением здесь.

[eNochka]

если это первое описание случая, то тогда они не считались за патогенные еще?

В какой-то момент впервые описали именно  компаунд-гетерозиготу как причину "primary myoadenylate deaminase deficiency with progressive weakness and atrophy", ну и указали, что это случилось впервые. Тип наследование (АР) для этого заболевания предполагает, что к болезни приводят гомозиготные мутации. Также к болезни при таком типе наследования могут приводить и компаунд-гетерозиготы (это тоже 2 мутации, мы это обсудили выше) - обычно это встречается реже (чем когда причина - гомозигота), а при некоторых заболеваниях с таким типом наследования бывает, что и не описывают их.

В OMIM  именно этот случай, про который ты пишешь, описан в 2000г.

A мутация novel=de novo? или просто не описанная еще?

novel - новая, ранее не описанная.
Но вот как корректно перевести -
обе мутации были новые (ранее не описанные), и их (обе мутации) впервые вместе обнаружили у конкретного пациента,
или
впервые обнаружили именно это сочетание этих мутаций как причину заболевания (а мутации, может, и были ранее описаны) -
я не знаю.
Скорее, первый вариант.
Можно в ClinVar посмотреть информацию по этим мутациям, в т.ч. когда их описали.
В любом случае, именно компаунд-гетерозигота была тогда описана впервые как причина.

А вообще с вниканием в смысл написанного - я все, пас. У меня слов не хватает, чтобы выразить мысль. А письменно тем более. И мозг тоже уже кипит.

Там, если в дебри лезть - еще веселее будет. Бывают и разные исключения из правил, разными моментами обусловленные (и что-то вдруг дает клинику, хотя и не должно...). Но про них (про эти факты) тоже можно, как правило, в OMIM, например, прочитать.