Генетика

[ФЕЯ]

Генетика
ПОЛЕЗНАЯ ИНФОРМАЦИЯ!

АРХИВ 2009-2014 г.
АРХИВ 2015 год
АРХИВ 2016 год

Наиболее информативные анализы на генетику:


Молекулярное кариотипирование известное также как хромосомный микроматричный анализ или сравнительная геномная гибридизация (CGH) является революционным методом исследования генома. Она была разработана для выявления аномалий ДНК, известных как  вариации числа копий генов, не обнаруживаемые другими традиционными цитогенетическими методами, такими, например, как обычное кариотипирование или флуоресцентная гибридизация in situ (FISH).

Вариации числа копий генов это потеря геномных участков (делеции) или в присутствие дополнительных копий сегментов ДНК (дупликации/амплификации).
Эти аномалии ДНК могут вызвать различные заболевания, такие как множественные врожденные пороки развития, умственную отсталость, аутизм, эпилепсю и рак.

Использование молекулярного кариотипирования позволяет обнаружить структурные несбалансированные хромосомные перестройки меньшие, чем те, которые определяются мтодами классицеской цитогенентики.
Хромосомный микроматрисный анализ всего генома обеспечивает  более высокое разрешение (в 100-1000 раз) по сравнению с другими генетическими исследованиями, таких как анализ кариотипа. Это является ценным инструментом для обнаружения вариаций числа копий генов небольшого размера (даже несколько сотен пар оснований). Это позволяет обнаруживато как известные, так и новые микроделеционные и микродупликационные синдромы.

Кроме того, этот метод позволяет точно определить гены, которые находятся в области перестройки и выяснить связь между этими генами и заболеванием.
Молекулярное кариотипирование используется для постнатальной диагностики сложных фенотипов, связанных с умственной отсталостью, множественными врожденными пороками развития. Этот метод, также используется в качестве диагностического метода в пренатальной диагностике.

В настоящее время, молекулярное кариотипирование основанное на технологии хромосомного микроматричного анализа представляет собой важный инструмент в поисках правильного диагноза множества генетических заболеваний.

[Ольга70]

@KetoDude, Эту лабораторию уже обсуждали на 58 странице. Год назад я публиковала ссылку. Если б все было так просто. Но увы..

[KetoDude]

@KetoDude, Эту лабораторию уже обсуждали на 58 странице. Год назад я публиковала ссылку. Если б все было так просто. Но увы..

а что вас смутило?! Все же очень даже просто!

вы получаете за 26 000р (350 евро):
-полный ДНК (100 000 в Геномеде)
-мтДНК (35 000 в Геномеде)
-клинические отчеты
-отчет по генетическим предрасположенностям (порядка 30 000р в https://www.genotek.ru/genetics/genom/ )
-файлы FASTQ, BAM, VCF (в России только FASTQ)

За глубокими исследованиями FASTQ всегда можно обратиться сюда, например https://clinbio.ru/

Dante Labs, кстати, растет потихоньку - у них сейчас лаборатории в Италии, Германии, Дании, Гонконге и США.

[KetoDude]

вот тут генетик из Геномеда тоже удивлялся, что как так дешево столько всего может стоит

https://www.facebook.com/Gipartus/posts/2208521202491374

но ничего не смог ответить на мои доводы и лайкнул мой пост   

[KetoDude]

@Ольга70, медицинского отчета в этой лаборатории, можно считать, что вообще нет.

@eNochka @Iwann
а что вы думаете по поводу таких отчетов от Dante Labs?
и гляньте пожалуйста несколько предыдущих постов.

https://s3.amazonaws.com/dantelabsreports/Epilepsy.v4.pdf?fbclid=IwAR3ZpQmaD3wWntxmgg6taFy4moIT-gJahAKA_Qh6_UMtCBSo9242lNtEAss

https://s3.amazonaws.com/dantepublic/Dante+Labs+-+Sample+Periodic+Paralysis+Rare+Disease+Panel.pdf?fbclid=IwAR1uVc1S_a0qZDtDtl-oag3HarFsjn4xSiiVCjyyWQAQMjI2C8VcbUiDBp0

да и на сэкономленные 100 000 можно заинтерпретироваться :)
 тут например https://clinbio.ru/

[Ольга70]

@KetoDude, Лайк в ФБ ничего не значит. Выше уже давали характеристики этой лабе. Нет медицинского отчета-вот главный минус. За 1800 евро можно экзом сделать. Почти те же деньги. И зачем бегать доинтерпретироваться? У меня такой возможности нет.

[eNochka]

@KetoDude,
эти отчеты уже обсуждались здесь, мое мнение не изменилось, это не клинические отчеты.
Кроме того, там нет необходимой генетику информации о частотах выявленных вариантов в популяционных базах, о программной оценке патогенности варианта (in silico) различными инструментами, о консервативности участка, который затрагивает вариант и т.д., нет ссылок на OMIM, ClinVar и другие базы, нет ссылок на публикации... И совершенно не ясно, на основании каких данных принято автоматическим анализатором решение о классификации варианта.
Не говоря уже о соотнесении с клиникой пациента.

Вот, например, вариант "3 Prime UTR Variant in CACNA1A (NM_001127221.1:c.*185_*187delCAG) Pathogenic" из отчета.
Почему он в отчете указан как патогенный?? "This is a 3 Prime UTR Variant located in the CACNA1A gene".
Вот информация об этом варианте, представленная в отчете, это все, что там есть о нем... Дальше в отчете информация о гене, а не о найденном в нем варианте.
Значит, по каждому варианту из отчета надо искать информацию самому.
Это вариант не loss of function. В БД gnomAD перекрывающие его делеции, хотя и встречаются с низкой частотой, но были найдены у гомозигот.
А вот ссылки на этот вариант в БД LOVD:
https://databases.lovd.nl/shared/variants/0000178072#00024115
https://databases.lovd.nl/shared/view/CACNA1A?search_VariantOnGenome%2FDBID=%3D%22CACNA1A_000094%22
В общем, даже на первый взгляд, сомнительный вариант, даже для VUS... Не говоря уже о заявленном "патогенном".

"Генетик Геномеда", про которого вы пишете выше (Артем Шарков - невролог, эпилептолог, специализирующийся на генетике) вам ответил: для начала он хотел бы увидеть fastq файл из этой лабы...
Потому как качество fastq бывает разное. И уважающие себя лаборатории перед биоинформатическим анализом и интерепретацией всегда его проверяют.
По поводу гигантских отчетов он выразил сомнения.

Плюс сложности с пересылкой из России - в Россию (как я поняла).

Также хочу добавить, что если думать о секвенировании генома, то имеет смысл делать секвенирование генома трио.
А при биоинформатической обработке и интерпретации этих данных в том же clinbio, стоимость также надо будет умножить на 3 (т.к. там она для одного генома).

Для повторной интерпретации данных нужны именно файлы fastq, без них лаборатория не будет делать анализ. Файлы bam, vcf лаборатория получит сама, на своем пайплайн. Которому доверяет... Алгоритмы картирования могут меняться, совершенствоваться, базы данных, используемые для аннотации обновляются, и пайплайны могут быть построены по-разному, с различной результативностью на выходе...

vcf может пригодиться, разве что, продвинутому генетику, готовому смотреть там инфу по найденным вариантам или искать что-то еще...
Самостоятельный поиск в нем продвинутым пациентом - скорее, исключение. Казуистика.
Но, в любом случае, vcf хорошо бы иметь от лабы, которой доверяешь в плане биоинформатической обработки данных и аннотации.

Прометеаза - сервис, уже обсуждавшийся здесь раньше, предназначен для другого. Он не поможет с поиском причины моногенного заболевания. "Предрасположенности" - это не о том.

Это не значит, что Dante Labs не пригодна. Но поговорим о ней, когда здесь опишут конкретный личный опыт работы с ней, от начала до конца, включая оценку полученных файлов fastq интерпретирующей лабораторией. И скажут конечную стоимость всех затрат. И результат.
И хорошо бы не один такой отзыв иметь.

[KetoDude]

@KetoDude, Лайк в ФБ ничего не значит. Выше уже давали характеристики этой лабе. Нет медицинского отчета-вот главный минус. За 1800 евро можно экзом сделать. Почти те же деньги. И зачем бегать доинтерпретироваться? У меня такой возможности нет.

с клинической интерпретацией в https://clinbio.ru/ за 12500 получается около 39 000. Это все равно меньше чем цена экзома в России.

получаете гораздо больше информации с биоинформатикой от лучших специалистов в России!И это за меньшие деньги?! 

[KetoDude]

@eNochka спасибо большое за развернутые и аргументированные ответы!

Потому как качество fastq бывает разное. И уважающие себя лаборатории перед биоинформатическим анализом и интерепретацией всегда его проверяют.

тут есть немного статистики
http://forum.molgen.org/index.php/topic,10204.msg416654.html#msg416654

Плюс сложности с пересылкой из России - в Россию (как я поняла).

как я понимаю посредниками приходится пользоваться с любыми европейскими лабораториями.
Тут пригодится родня на Украине, Белоруси и тп ))

А при биоинформатической обработке и интерпретации этих данных в том же clinbio, стоимость также надо будет умножить на 3 (т.к. там она для одного генома).

и все равно в разы дешевле ))

Для повторной интерпретации данных нужны именно файлы fastq, без них лаборатория не будет делать анализ. Файлы bam, vcf лаборатория получит сама, на своем пайплайн. Которому доверяет... Алгоритмы картирования могут меняться, совершенствоваться, базы данных, используемые для аннотации обновляются, и пайплайны могут быть построены по-разному, с различной результативностью на выходе...

"Bioinformatic analysis
Reads were aligned to the human reference sequence (GRCh37) using the Burrows-Wheeler Aligner (BWA), and variant calls are made
using the Genomic Analysis Tool Kit (GATK). The GATK Variant Quality Score Recalibration (VQSR) that uses machine learning algorithm
was used to filter the raw variant callset. The SNPs and InDels marked PASS in the output VCF file were high-confident variation set. All the
variants with pathogenic or unknown significance for causing or contributing to diseases are reported.
Data Quality Control
The strict data quality control (QC) was performed in the whole analysis pipeline for the clean data , the mapping data, the variant calling,
etc. Several quality control items for each sample were checked."

кстати, что думаете по поводу https://sequencing.com/ ?
вроде можно бесплатно работать напрямую с FASTQ
https://sequencing.com/eve
https://sequencing.com/data-viewer

vcf может пригодиться, разве что, продвинутому генетику, готовому смотреть там инфу по найденным вариантам или искать что-то еще...
Самостоятельный поиск в нем продвинутым пациентом - скорее, исключение. Казуистика.

с вами категорически не согласны миллионы людей, которые самостоятельно этим занимаются по всему миру ))
в штатах уже даже с обычным терапевтом можно обсуждать клиническую значимость APOE4 для рисков болезни Альцгеймера. Не говоря о специализированных форумах и врачах генетиках

Прометеаза - сервис, уже обсуждавшийся здесь раньше, предназначен для другого. Он не поможет с поиском причины моногенного заболевания. "Предрасположенности" - это не о том.

Абсолютное большинство заболеваний полигенны. GWAS исследования совсем не бесполезны. и ClinVar Прометеаза поддерживает
"About 10,000 strong associations have been reported between genetic variants and one or more complex traits" https://www.sciencedirect.com/science/article/pii/S0002929717302409

Это не значит, что Dante Labs не пригодна. Но поговорим о ней, когда здесь опишут конкретный личный опыт работы с ней, от начала до конца, включая оценку полученных файлов fastq интерпретирующей лабораторией. И скажут конечную стоимость всех затрат. И результат.
И хорошо бы не один такой отзыв иметь.

NathanS говорит, что уже 5ым делал WGS, средняя глубина 40x
http://forum.molgen.org/index.php/topic,10204.msg416618.html#msg416618

karwiso говорит, что заказывал три комплекта от них, вроде даже сам FASTQ как-то анализировал
http://forum.molgen.org/index.php/topic,10204.msg397716.html#msg397716

[eNochka]

@KetoDude, разве дело только лишь в "дешевле - не дешевле"...
Дешевле иногда оказывается дороже...
И глубина не единственная характеристика. И оценку качества их fastq должна сделать лаборатория или биоинформатик.
И люди эти мне не известны.
И мы не в штатах, а здесь, с нашими генетиками и с нашими знаниями о генетике.
И пользу/бесполезность GWAS исследований как таковых здесь никто не обсуждал. Просто для поиска причины моногенного заболевания прометеаза не нужна, не надо путать людей, а генетические предрасположенности обсуждались в других темах: тест Яско, харьковский медико-генетический центр. В этой теме те, кому ставят или подозревают (или подозревали) "генетику", а именно хромосомные аномалии или моногенные заболевания.
И, наверное, те, кто остался без диагноза...
Многофакторные заболевания - это не сюда.
Какое-то странное обсуждение - ради чего? Обсуждение ради обсуждения?
В его продолжении с моей стороны не вижу смысла. Поделилась всем, что знала, мнение высказала. На данном жизненном этапе нет ни сил, ни возможностей продолжать дальше эту тему.
Может, кто-то другой с вами подискутирует.

[KetoDude]

@eNochka еще раз спасибо за продуктивное обсуждение ;)

@KetoDude, разве дело только лишь в "дешевле - не дешевле"...
Дешевле иногда оказывается дороже...

согласен. но иногда "дешевле - не дешевле" превращается "делать исследования или не делать".
А еще возможно появление нового конкурента с агрессивными ценами заставит и российские лаборатории пересмотреть свои цены. Правда, на сегодняшний момент они защищены от международной конкуренции таможенными законами. Как АвтоВАЗ ))
кстати, вот еще нашел экзом за $229! В разы дешевле чем в России! И это на Illumina NovoSeq6000 macrogenlab.com/novaseq6000-promo/

И глубина не единственная характеристика. И оценку качества их fastq должна сделать лаборатория или биоинформатик.

естественно. Просто не ясно почему европейские или американские лаборатории априори должны быть хуже чем российские.
секвенируют на BGI 500.

И пользу/бесполезность GWAS исследований как таковых здесь никто не обсуждал. Просто для поиска причины моногенного заболевания прометеаза не нужна (генетические предрасположенности обсуждались в других темах: тест Яско, харьковский медико-генетический центр).

понятно. просто если уж люди платят такие деньги за генетику, то почему бы им не дать дополнительный отчет по типу теста Яско, а еще лучше дать VCF файлик, с которым они уже самостоятельно на promethease поиграются.

неврологические заболевания чаще полигенные, чем нет. Нельзя просто так отбрасывать информацию, только из-за сложности ее интерпретации.
обзорчик по GWAS в неврологии http://www.jneuropsychiatry.org/peer-review/neurology-in-the-light-of-genomics-application-of-ngs-and-gwas-in-understanding-complex-neurological-disorders.pdf

Есть мысли по поводу https://sequencing.com/ ?
вроде можно бесплатно работать напрямую с FASTQ
https://sequencing.com/eve
https://sequencing.com/data-viewer

мне кажется будущее за такого рода сервисами, когда весь FASTQ файлик будет висеть в облаке и его можно будет самому заново интерпретировать по текущим базам несколькими нажатиями клавиш, подключая, при необходимости, врача-генетика по скайпу

Еще интересно как англичане будут автоматизировать полногеномное секвенирование и интерпретирование данных для 5 миллионов людей. 
https://www.bionews.org.uk/page_138891
одних только сырых данных будут петабайты. А ведь по ним еще будут делать GWAS и другие исследования...

Мне кажется будут сделаны огромные улучшения в биоинформатике, как в плане баз данных, так и в плане упрощения доступа к интерпретации сырых данных.

[ivna]

@liouda, Здравствуйте
Вас все еще интересует тема синдрома Жубера?

[KetoDude]

пару хороших новостей

1. BGI анонсировала выпуск в 2019 году супер-пупер секвенизатора MGISEC-T7. Обещают производительность в два раза выше чем Illumina NovoSeq6000 
в 2017 году установка Illumina NovoSeq6000 в Генетико почти в 3 раза снизила стоимость исследования экзома, с 90 до 37 тысяч рублей. И в 3 раза ускорила сроки расшифровки генома, вместо 90 дней – 1 месяц.
https://genetico.ru/news/tsentr-genetico-sdelal-dostupnyimi-i-byistryimi-issledovaniya-po-rasshifrovke-genoma.html

2. Новое програмное обеспечение позволяет в 10 раз ускорить интерпретацию на том же оборудовании

"It replaces other DNA sequencing analysis software such as GATK4.0, Picard, and SAMtools while producing identical results. "
https://phys.org/news/2018-10-imec-elprep-software-significantly-genome.html

может мы в правду увидим цены на WGS порядка $100 в течении 10 лет как нам обещает Illumina?

[KetoDude]

@eNochka новость в тему полезности и нужности VCF файлов для пациентов

FDA разрешила 23andme делать отчеты по фармакогеномике   
https://www.fda.gov/NewsEvents/Newsroom/PressAnnouncements/ucm624753.htm

А ведь эти отчеты можно и в Promethease глянуть за $10, если бы российские лаборатории давали VCF файл ....

[KetoDude]

В тему прогресса в биоинформатике.
Искусственный интеллект научился анализировать геном качественее чем лучшие традиционные статистические модели, над которыми уже годами работают команды программистов.

DeepVariant в два раза лучше, чем GATK при той же глубине, как для WES, так и WGS.
даже при глубине в два раза меньшей у DeepVariant (100x coverage) меньше ошибок чем у GATK (200x coverage) 
https://blog.dnanexus.com/2018-04-18-deepvariant-amplified/

и эта штука уже доступна всем, например тут, буквально за $3 за 30x WGS
https://cloud.google.com/genomics/docs/tutorials/deepvariant
 

[Elena_S]

Возможно, я не жду при своей жизни обнадеживающей информации 🤷‍♀️
Не знаю, какой именно полиморфизм вы имели ввиду , они есть и в химии, и в физике и ещё кое- где . Если в области медицины , то секвенирование экзома у меня его не обнаружило .
Как то так ...

Вот вам пример обнадеживающей информации. в 2001 году секвенирование полного генома стоило больше миллиарда долларов. в 2006 году уже $300 000. В 2018 году - $1000.
Illumina прогнозирует падение цен до $100 в ближайшие годы.

А вы когда секвенирование делали получали на руки FASTQ и VCF файлы?

Я получила готовый диагноз для ре. Делали в Германии в Centogen . Мне не нужны никакие файлы, потому что, увы, диагноз на 100% правильный .Можно было что то запросить- но, зачем 🤷‍♀️
 Нас , родителей, заодно проверили, анализ так назывался - трио, главное было , наконец , поставить правильный диагноз ре, и это было сделано .