Генетика

[ФЕЯ]

Генетика
ПОЛЕЗНАЯ ИНФОРМАЦИЯ!

АРХИВ 2009-2014 г.
АРХИВ 2015 год
АРХИВ 2016 год

Наиболее информативные анализы на генетику:


Молекулярное кариотипирование известное также как хромосомный микроматричный анализ или сравнительная геномная гибридизация (CGH) является революционным методом исследования генома. Она была разработана для выявления аномалий ДНК, известных как  вариации числа копий генов, не обнаруживаемые другими традиционными цитогенетическими методами, такими, например, как обычное кариотипирование или флуоресцентная гибридизация in situ (FISH).

Вариации числа копий генов это потеря геномных участков (делеции) или в присутствие дополнительных копий сегментов ДНК (дупликации/амплификации).
Эти аномалии ДНК могут вызвать различные заболевания, такие как множественные врожденные пороки развития, умственную отсталость, аутизм, эпилепсю и рак.

Использование молекулярного кариотипирования позволяет обнаружить структурные несбалансированные хромосомные перестройки меньшие, чем те, которые определяются мтодами классицеской цитогенентики.
Хромосомный микроматрисный анализ всего генома обеспечивает  более высокое разрешение (в 100-1000 раз) по сравнению с другими генетическими исследованиями, таких как анализ кариотипа. Это является ценным инструментом для обнаружения вариаций числа копий генов небольшого размера (даже несколько сотен пар оснований). Это позволяет обнаруживато как известные, так и новые микроделеционные и микродупликационные синдромы.

Кроме того, этот метод позволяет точно определить гены, которые находятся в области перестройки и выяснить связь между этими генами и заболеванием.
Молекулярное кариотипирование используется для постнатальной диагностики сложных фенотипов, связанных с умственной отсталостью, множественными врожденными пороками развития. Этот метод, также используется в качестве диагностического метода в пренатальной диагностике.

В настоящее время, молекулярное кариотипирование основанное на технологии хромосомного микроматричного анализа представляет собой важный инструмент в поисках правильного диагноза множества генетических заболеваний.

[Скво]

Выложил статью про секвенирования экзома или генома.
Здесь ответы на вопросы: нужно ли делать секвенирование, как обрабатывать файлы и как извлекать из них полезную информацию.
То есть, вторая часть статьи - для любопытных, кому показалось мало заключения лаборатории.
 
https://preability.com/2020/08/25/sekvenirovanie-ekzoma-ili-genoma-podgotovka-dannyh-i-analiz-rezultatov-dlya-nachinayushhih

Спасибо
И главный вопрос: вам это что-то дало? Диагноз был поставлен?

Да, был. Но не сразу. И редкого нарушения у нас не нашлось. Риск беременности, связанный с генетикой.

То есть первопричина в матери оказалась?
У меня просто стоит вопрос продолжать ли искать дальше. Геном правда не делали, экзом ничего конкретного не дал.  Боюсь что и с геномом так будет. Потраченные деньги, нервы, время, а диагноза как не было так и нет. 5 лет поисков...

Да, у матери. Косвенно, по генам ребенка нашел предрасположенность,потом подтвердилась анализами.
Сложно дать совет. В экзоме - 85% известных менделевских нарушений. Т.е. большую часть, вы проверили, если анализ был качественным.
Если осталось подозрение на редкое нарушение и хотите продолжать поиск, то можно сделать экзом для трио, можно геном, можно проверить повторно в связи с обновлениями баз данных, если делали давно...

Да, я в курсе всех этих вариантов.
Предположение врача что это что-то в некодирующей области и очень вероятно, что дигенное заболевание, о которых сейчас бум публикаций и чуть ли не прорыв в генетике. Подождем, посмотрим.
Спасибо за ответ.

[Iwann]

Выложил статью про секвенирования экзома или генома.
Здесь ответы на вопросы: нужно ли делать секвенирование, как обрабатывать файлы и как извлекать из них полезную информацию.
То есть, вторая часть статьи - для любопытных, кому показалось мало заключения лаборатории.
 
https://preability.com/2020/08/25/sekvenirovanie-ekzoma-ili-genoma-podgotovka-dannyh-i-analiz-rezultatov-dlya-nachinayushhih

Спасибо
И главный вопрос: вам это что-то дало? Диагноз был поставлен?

Да, был. Но не сразу. И редкого нарушения у нас не нашлось. Риск беременности, связанный с генетикой.

То есть первопричина в матери оказалась?
У меня просто стоит вопрос продолжать ли искать дальше. Геном правда не делали, экзом ничего конкретного не дал.  Боюсь что и с геномом так будет. Потраченные деньги, нервы, время, а диагноза как не было так и нет. 5 лет поисков...

Да, у матери. Косвенно, по генам ребенка нашел предрасположенность,потом подтвердилась анализами.
Сложно дать совет. В экзоме - 85% известных менделевских нарушений. Т.е. большую часть, вы проверили, если анализ был качественным.
Если осталось подозрение на редкое нарушение и хотите продолжать поиск, то можно сделать экзом для трио, можно геном, можно проверить повторно в связи с обновлениями баз данных, если делали давно...

Да, я в курсе всех этих вариантов.
Предположение врача что это что-то в некодирующей области и очень вероятно, что дигенное заболевание, о которых сейчас бум публикаций и чуть ли не прорыв в генетике. Подождем, посмотрим.
Спасибо за ответ.

Интересно, как дигенные варианты анализируют и выявляют, нужны ли какие-то особые методы и софт... Мне кажется, что открытые и всем доступные инструменты (snpEff, annovar, VEP) просто с ними не работают. Вроде бы в базе Clinvar (которую, думаю, все используют) есть обозначение для них (знак минус), но не один из наших вариантов им не был аннотирован. Впрочем, может я не разобрался.

Пишут, что причины многих нарушений сегодня просто неизвестны.

И я бы скорее сказал, что сегодня бум эпигенетики. Это, как я понимаю, сочетание вариантов и факторов среды, секвенирование метилированного эпигенома (видят, какие гены включены). Но как и когда это станет доступно...

[Скво]

Выложил статью про секвенирования экзома или генома.
Здесь ответы на вопросы: нужно ли делать секвенирование, как обрабатывать файлы и как извлекать из них полезную информацию.
То есть, вторая часть статьи - для любопытных, кому показалось мало заключения лаборатории.
 
https://preability.com/2020/08/25/sekvenirovanie-ekzoma-ili-genoma-podgotovka-dannyh-i-analiz-rezultatov-dlya-nachinayushhih

Спасибо
И главный вопрос: вам это что-то дало? Диагноз был поставлен?

Да, был. Но не сразу. И редкого нарушения у нас не нашлось. Риск беременности, связанный с генетикой.

То есть первопричина в матери оказалась?
У меня просто стоит вопрос продолжать ли искать дальше. Геном правда не делали, экзом ничего конкретного не дал.  Боюсь что и с геномом так будет. Потраченные деньги, нервы, время, а диагноза как не было так и нет. 5 лет поисков...

Да, у матери. Косвенно, по генам ребенка нашел предрасположенность,потом подтвердилась анализами.
Сложно дать совет. В экзоме - 85% известных менделевских нарушений. Т.е. большую часть, вы проверили, если анализ был качественным.
Если осталось подозрение на редкое нарушение и хотите продолжать поиск, то можно сделать экзом для трио, можно геном, можно проверить повторно в связи с обновлениями баз данных, если делали давно...

Да, я в курсе всех этих вариантов.
Предположение врача что это что-то в некодирующей области и очень вероятно, что дигенное заболевание, о которых сейчас бум публикаций и чуть ли не прорыв в генетике. Подождем, посмотрим.
Спасибо за ответ.

Интересно, как дигенные варианты анализируют и выявляют, нужны ли какие-то особые методы и софт... Мне кажется, что открытые и всем доступные инструменты (snpEff, annovar, VEP) просто с ними не работают. Вроде бы в базе Clinvar (которую, думаю, все используют) есть обозначение для них (знак минус), но не один из наших вариантов им не был аннотирован. Впрочем, может я не разобрался.

Пишут, что причины многих нарушений сегодня просто неизвестны.

И я бы скорее сказал, что сегодня бум эпигенетики. Это, как я понимаю, сочетание вариантов и факторов среды, секвенирование метилированного эпигенома (видят, какие гены включены). Но как и когда это станет доступно...

Я не вникала как если честно, устала уже от этой темы. Врач просто говорит что на конференциях последних лет снова и снова появляются доклады о дигенных заболеваниях, тема вышла в топ обсуждаемых в этой среде.
Вряд ли в ближайшее время появится какой-то алгоритм диагностики. Пока все это на правах теории.
Что бы там ни было, лечения нам не видать :(

[Keto]

Интересно, как дигенные варианты анализируют и выявляют, нужны ли какие-то особые методы и софт... Мне кажется, что открытые и всем доступные инструменты (snpEff, annovar, VEP) просто с ними не работают.

похоже, что большинство неврологических заболеваний полигенны.
например https://www.sciencedirect.com/science/article/pii/S1474442219302698

Есть polygenic scores. Как это все интерпретировать и тем более лечить пока не ясно...

наверное стоит рассматривать генетические анализы как многолетний научно-исследовательский проект...
Возможно такие сервисы как пожизненная подписка от Nebula Genomics имеют смысл
https://nebula.org/whole-genome-sequencing/

c кодом ALS2020 выходит $450 за WGS 30x

[Iwann]

@Keto, тут нужно не запутаться в терминах, похоже речь идет о разных вещах

если мы говорим о редких менделевских нарушениях, то большинство описанных болезней уже известно
https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC4573249/
и все описания, которые я видел, были моногенные, связанные с SNV.
Т.е. мы говорим об обычном доминантном или рецессивном наследовании. "Дигенные", как я понимаю, относятся к редким, но нестандартным типам наследования. Тут родробнее https://www.monographies.ru/ru/book/section?id=17006
Ключевое слово "редкий".
А распространенные варианты из сферы интересов GWAS (судя по термину polygenic scores) не имют отношения к этой теме. Накопленные риски инетересно, но это другое.

[Скво]

 @Iwann, совершенно верно.
У нас найдено несколько поломок после ХМА и секвенирования экзома (гетерозиготные), причем клинически кажется - вот оно!
по Сенгэру проверили, подтвердили гетерозиготность и тупик. Врач не может на этом основании диагноз поставить.
Ну и возникает теория, что по отдельности найденные мутации значения не имеют, но усиливая патогенность друг друга вполне могу давать картину заболевания.
Но естественно проверить мы это не можем, официально сидим с ДЦП и формулировкой от генетика на 5 строках с (?) в конце...

[Vixx]

@Iwann, совершенно верно.
У нас найдено несколько поломок после ХМА и секвенирования экзома (гетерозиготные), причем клинически кажется - вот оно!
по Сенгэру проверили, подтвердили гетерозиготность и тупик. Врач не может на этом основании диагноз поставить.
Ну и возникает теория, что по отдельности найденные мутации значения не имеют, но усиливая патогенность друг друга вполне могу давать картину заболевания.
Но естественно проверить мы это не можем, официально сидим с ДЦП и формулировкой от генетика на 5 строках с (?) в конце...

Я тоже склоняюсь к такому выводу, ну и плюс эпигенетика конечно.

[Keto]

А распространенные варианты из сферы интересов GWAS (судя по термину polygenic scores) не имют отношения к этой теме. Накопленные риски инетересно, но это другое.

Вот в том, то и дело, что похоже, что многие болезни полигенны.

гляньте статью начиная с
"Rare and common variants: an emerging synthesis"

https://www.sciencedirect.com/science/article/pii/S1474442219302698
"Panel 2

Complex inheritance

Epilepsies with suspected complex inheritance are a challenge in understanding genetic mechanisms. Variants from multiple genes are expected to collectively contribute to disease, and each variant is considered to confer an increased risk for the disease. Several models of complex inheritance genetic risk are possible, and are not mutually exclusive. Other contributors to complex inheritance might include epigenetic and environmental factors.

Oligogenic model

A small number of variants (each with a modest-to-large effect size) combine in an individual to cause disease. Because epilepsy reduces reproductive fitness,52 especially among earlier generations, the variants of large effect are expected to be absent or rare in the general population because of purifying selection.

Polygenic model

Many variants (perhaps hundreds or thousands) each contribute a relatively small effect towards overall disease risk. Variants of small effect might not be subject to the same purifying selection as variants of large effect, and thus may be either rare or common in the population.

Omnigenic model

A logical extreme of the polygenic model proposes that the interconnection of gene regulatory networks can explain why genes without an obvious connection to disease can carry substantial association signals through their influence on the function of core disease-related genes.53"

[Iwann]

@Скво, да, известная ранее связь генотип-фенотип - основание для диагноза... поломки в ассоциированом с типичными проявлениями нарушения гене... А если связь с клиникой неочевидна, что же остается писать (

@Keto, да, я видел, но как-то все в сослагательном наклонении.
"Выявление сопряженных с риском общих вариантов может также выявить биологические пути, важные для патогенеза эпилепсии, и модуляция этих путей предоставит новые возможности лечения." Вот основная идея.
Интереснее статья, на которую они ссылаются https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC4163034/
У нас, например, у малого были судороги. Из каталога я выудил два ассоциированных варианта с частотой аллеля более 40%. Но это скорее корреляции (суть GWAS  - их поиск), я не нашел практических рекомендаций или конкретных путей метаболизма. Вот, что на мой взгляд, интересно, а не суммирование статистических рисков. Нельзя же поставить диагноз и назначить лечение на основе score. А описание влияния для конкретных вариантов и так уже есть в БД. Будут у авторов практические инструменты совместной оценки вариантов, для диагностики и лечения, тогда будет интересно.

[Keto]

я не нашел практических рекомендаций или конкретных путей метаболизма

Это да. GWAS дают направление куда копать дальше исследователям. но это уже будет на порядок сложнее, чем с моногенными заболеваниями.

Часто приводится аналогия с хорошо изученной полигенной и многофакторной болезнью - атеросклероз.
Хорошо известен механизм влияния конкретных как редких мутаций так и часто встречаемых полиформизмов на факторы развития болезни.

Причем суммарный эффект polygenic score может быть выше чем от редкой патогенной мутации.

ну там все хорошо замеряется уровнями и размерами конкретных холестериновых фракций, уровнем воспаления, рецепторами печени и тд и тп.
И есть таргетные лекарства направленые на конкретный "фактор" атеросклероза

[Скво]

Все таки плейотропность для атеросклероза или астмы это несколько иное. И там часто есть обычная предрасположенность, которая не факт что станет заболеванием.
А в случае заболеваний, которые уже в раннем детстве себя проявили, да ещё не дай бог прогрессирующие, средовые факторы вообще роли не играют, либо это должно было быть что-то настолько существенное в период беременности, что мама явно бы не пропустила этот факт.

[Keto]

Аутизм, например, считается полигенным заболеванием в 90-95% случаев

" most of the heritability of ASD seems to be caused by common genetic variants [Gaugler et al., 2014]. ASD, like attention deficit/hyperactivity disorder (ADHD), schizophrenia, and bipolar disorder, have been shown to be polygenic disorders, in which each single risk variant has a small effect on the disease phenotype"

https://onlinelibrary.wiley.com/doi/full/10.1002/aur.2207

[Сюрс]

Всем здравствуйте! Я вся извелась, помогите пожалуйста понять результаты! От Москвы ответа ждать ещё 1-2 недели(((( Диагноз "Синдром истощения митохондриальной ДНК, тип 7", ждали подтверждения диагноза, кровь сдали мама, папа, дочка. Я только поняла, что она больна, поскольку мы оба носители поломки. А тут написано о спиноцеребеллярной атаксии...

[Iwann]

Всем здравствуйте! Я вся извелась, помогите пожалуйста понять результаты! От Москвы ответа ждать ещё 1-2 недели(((( Диагноз "Синдром истощения митохондриальной ДНК, тип 7", ждали подтверждения диагноза, кровь сдали мама, папа, дочка. Я только поняла, что она больна, поскольку мы оба носители поломки. Там написано о спиноцеребеллярной атаксии...

Истощение ДНК, означает, что митохондрии, которые производят энергию для клеток, хуже работают и/или хуже делятся (т.е. их меньше).
Если у вас есть митохондриальная недостаточность, то вы уже и так о ней знаете, скорее всего.
C мит. нарушениями даже в одном и том же гене, степень тяжести может очень-очень отличаться.
Поэтому лучше, все же дождаться консультации, врач сможет адекватно оценить влияние варианта.

[Сюрс]

Всем здравствуйте! Я вся извелась, помогите пожалуйста понять результаты! От Москвы ответа ждать ещё 1-2 недели(((( Диагноз "Синдром истощения митохондриальной ДНК, тип 7", ждали подтверждения диагноза, кровь сдали мама, папа, дочка. Я только поняла, что она больна, поскольку мы оба носители поломки. Там написано о спиноцеребеллярной атаксии...

Истощение ДНК, означает, что митохондрии, которые производят энергию для клеток, хуже работают и/или хуже делятся (т.е. их меньше).
Если у вас есть митохондриальная недостаточность, то вы уже и так о ней знаете, скорее всего.
C мит. нарушениями даже в одном и том же гене, степень тяжести может очень-очень отличаться.
Поэтому лучше, все же дождаться консультации, врач сможет адекватно оценить влияние варианта.

Основную инфу я знаю, про мтДнк тоже начиталась. Пытаясь сопоставить спиноцеребеллярную атаксию и синдром истощения мтДнк в международных базах по мутациям, окончательно запуталась. Суть вопроса, подтвердился ли наш диагноз, вот этого понять не могу. Консультация будет не скоро, хочу просто понять, хоть успокоится немного. Диагноз состояние ребенка не поменяет, а вот неизвестность меня пугает сильно.