Генетика

[ФЕЯ]

Генетика
ПОЛЕЗНАЯ ИНФОРМАЦИЯ!

АРХИВ 2009-2014 г.
АРХИВ 2015 год
АРХИВ 2016 год

Наиболее информативные анализы на генетику:


Молекулярное кариотипирование известное также как хромосомный микроматричный анализ или сравнительная геномная гибридизация (CGH) является революционным методом исследования генома. Она была разработана для выявления аномалий ДНК, известных как  вариации числа копий генов, не обнаруживаемые другими традиционными цитогенетическими методами, такими, например, как обычное кариотипирование или флуоресцентная гибридизация in situ (FISH).

Вариации числа копий генов это потеря геномных участков (делеции) или в присутствие дополнительных копий сегментов ДНК (дупликации/амплификации).
Эти аномалии ДНК могут вызвать различные заболевания, такие как множественные врожденные пороки развития, умственную отсталость, аутизм, эпилепсю и рак.

Использование молекулярного кариотипирования позволяет обнаружить структурные несбалансированные хромосомные перестройки меньшие, чем те, которые определяются мтодами классицеской цитогенентики.
Хромосомный микроматрисный анализ всего генома обеспечивает  более высокое разрешение (в 100-1000 раз) по сравнению с другими генетическими исследованиями, таких как анализ кариотипа. Это является ценным инструментом для обнаружения вариаций числа копий генов небольшого размера (даже несколько сотен пар оснований). Это позволяет обнаруживато как известные, так и новые микроделеционные и микродупликационные синдромы.

Кроме того, этот метод позволяет точно определить гены, которые находятся в области перестройки и выяснить связь между этими генами и заболеванием.
Молекулярное кариотипирование используется для постнатальной диагностики сложных фенотипов, связанных с умственной отсталостью, множественными врожденными пороками развития. Этот метод, также используется в качестве диагностического метода в пренатальной диагностике.

В настоящее время, молекулярное кариотипирование основанное на технологии хромосомного микроматричного анализа представляет собой важный инструмент в поисках правильного диагноза множества генетических заболеваний.

[KetoDude]

и далее обсуждаются результаты GWAS исследований: ассоциации, риски, предрасположенности
и то, что вы цитируете - это оттуда и не имеет отношения к медицинской диагностике в генетике

как это не используются???
вот, например, список предрасположенностей от ACMG
https://www.ncbi.nlm.nih.gov/clinvar/docs/acmg/
те же BRCA1/2 кодируют белки "Breast cancer type 1/2 susceptibility protein" в самом названии есть слово susceptibility - предрасположенность.
вот только вышла мощная статья по клинической оценке полигенных рисков рака груди, где в дополнение BRCA предлагают использовать Polygenic Risk Scores for Prediction of Breast Cancer and Breast Cancer Subtypes
https://www.cell.com/ajhg/fulltext/S0002-9297(18)30405-1

В клинической практике и генетики, и биоинформатики оценивают найденные варианты, основываясь на классификации, предложенной ACMG. Результаты GWAS-исследований для установления диагноза не используются.

да, и проблема в диагностике эпилепсии в том, что клиницисты ищут только моногенные обьяснения, несмотря на то, что последние исследования говорят и том, что наиболее часто встречающиеся эпилепсии полигенны !!! (и мультифакторны). И когда на руки выдается заключение, что клинически важных мутаций не найдено, это далеко не факт, что исключенна роль генетики в этиологии болезни.

GWAS исследования чаще используются для генерирования гипотез, разработки новых лекарств и тп.
те же ПЭП часто таргетно воздействуют на конкретные SNP. теоретически возможен подбор терапии под конкретные полиформизмы и тд и тп
https://www.nature.com/articles/s41467-018-07524-z

[Тамила75]

В том году сдавала полное секвенирование экзома в генетико. На 22 тысячи ген.сделали быстро 40 дней. Отдала 37 тысяч. На москваречье отдала за клиническое секвенирование экзома  53 тысяч. И делал геномед. И показала  там нашего заболевания. Так что лучше полное секвенирование экзома  сдать.

[Скво]

Есть ли тут кто-то с полигенным заболеванием? (диагностированным)

[KetoDude]

Есть ли тут кто-то с полигенным заболеванием? (диагностированным)

ну конечно есть. Например, атеросклероз, есть у всех! в разных стадиях.
Болезнь мультифакторная - влияют курение, алкоголь, повышенное давление и тд и тп
И полигенная - одних снипов гиперхолистеринемии уже больше 2000 насчитали...

[Скво]

Есть ли тут кто-то с полигенным заболеванием? (диагностированным)

ну конечно есть. Например, атеросклероз, есть у всех! в разных стадиях.
Болезнь мультифакторная - влияют курение, алкоголь, повышенное давление и тд и тп
И полигенная - одних снипов гиперхолистеринемии уже больше 2000 насчитали...

Меня не это интересует, а случаи сочетания поломки в разных генах, которые обусловили задержку развития ребенка и/или его инвалидизацию.

[KetoDude]

ну это был просто пример, чтобы наглядно продемонстрировать, что такое мультифакторность и полигенность.

атеросклероз - это хорошо изученная мультифакторная полигенная болезнь.
В контесте этой болезни, Ингибиторы PCSK9 - это моногенная терапия, выключающая конкретный ген (PCSK9) и понижающая уровень холестерина в крови (один из факторов влияющих на болезнь).

если вернуться к неврологии, то все намного сложнее и непонятнее. Но в последнее время становиться популярна гипотеза о полигенности и мультифакторности большинства нейрологических заболеваний. Вот, например, статья о гомозиготных близнецах

Over the past decade, a focus on de novo mutations has rapidly accelerated gene discovery in autism spectrum disorder (ASD), intellectual disability (ID), and other neurodevelopmental disorders (NDDs). However, recent studies suggest that only a minority of cases are attributable to de novo mutations, and instead these disorders often result from an accumulation of various forms of genetic risk.

http://molecularcasestudies.cshlp.org/content/4/6/a003285.full

[Скво]

ну это был просто пример, чтобы наглядно продемонстрировать, что такое мультифакторность и полигенность.

атеросклероз - это хорошо изученная мультифакторная полигенная болезнь.
В контесте этой болезни, Ингибиторы PCSK9 - это моногенная терапия, выключающая конкретный ген (PCSK9) и понижающая уровень холестерина в крови (один из факторов влияющих на болезнь).

если вернуться к неврологии, то все намного сложнее и непонятнее. Но в последнее время становиться популярна гипотеза о полигенности и мультифакторности большинства нейрологических заболеваний. Вот, например, статья о гомозиготных близнецах

Over the past decade, a focus on de novo mutations has rapidly accelerated gene discovery in autism spectrum disorder (ASD), intellectual disability (ID), and other neurodevelopmental disorders (NDDs). However, recent studies suggest that only a minority of cases are attributable to de novo mutations, and instead these disorders often result from an accumulation of various forms of genetic risk.

http://molecularcasestudies.cshlp.org/content/4/6/a003285.full

Видимо ввиду этой популярности наш наблюдающий генетик предложила искать "вторую, а может и третью часть" заболевания, так как не может объяснить состояние ребенка найденной поломкой, он во многом отличен от описанных случаев. Прозвучала гипотеза о генах- модификаторах.

[Инда]

Доброй ночи всем, лежим сейчас на талдомской в отделении генетики, обследуют на предмет рахитоподобного заболевания и направляют на Москворечье сдать кровь на возможные Генетические нарушения в обменных процессах,   знающие люди подскажите что именно могут предложить за анализ? Или может мне нужно что то конкретное просить. Проблема у ребенка многократно была завышена щелочная фосфатаза в крови ( 14516 при норме до 650) , вот ищем причину. Снизить уровень удалось до 690 путем ежедневного приема витамина д3( 6 капель)

Подскажите, как вас обследуют (анализы, рентген и пр.) на рахитоподобные заболевания и какие специалисты этим занимаются ? Нефрологи или генетики или нефрологи-генетики ?

[Nattilli]

Всегда ли очаги нарушения миелинизации в мозге - признак лейкодистрофии? У меня ребенку 3 года.  По результатам мрт паравентикулярные очаги нарушения миелинизации в лобных и теменных долях.

[Shengale]

Добрый день. Возможно вы поможете нам. У меня ребенок 3.9года СДВГ и Аутизм. Жуткая гиперактивность, на БГБК диете,плозо понимает речь. Сдали кариотип нарушений нет. Подскажите, пожалуйста, какие анализы посоуетуте сдать и будет ли для нас информатика тест Эми Яско? Заранее благодарна.

[KetoDude]

Добрый день. Возможно вы поможете нам. У меня ребенок 3.9года СДВГ и Аутизм. Жуткая гиперактивность, на БГБК диете,плозо понимает речь. Сдали кариотип нарушений нет. Подскажите, пожалуйста, какие анализы посоуетуте сдать и будет ли для нас информатика тест Эми Яско? Заранее благодарна.

можете еще вот сюда задать вопрос генетику
Вопросы генетику

[Elena_S]

@Shengale, добрый день. Если у вас подтверждён диагноз - то вам только заниматься , заниматься и заниматься . Конечно бы хотелось чуда - тест Яско- вас излечит, но нет .
Таких историй на этом форуме и на других площадках не было . Не тратьте деньги , лучше обучитесь на ава- тераписта и работайте сами , если у вас в городе нет спецов или у вас нет денег на них.
Волшебной таблетки нет, увы🤷‍♀️

[Shengale]

@Shengale, добрый день. Если у вас подтверждён диагноз - то вам только заниматься , заниматься и заниматься . Конечно бы хотелось чуда - тест Яско- вас излечит, но нет .
Таких историй на этом форуме и на других площадках не было . Не тратьте деньги , лучше обучитесь на ава- тераписта и работайте сами , если у вас в городе нет спецов или у вас нет денег на них.
Волшебной таблетки нет, увы🤷‍♀️

Сам аутизмом у нас не подтвержден. Пишут о аутичных чертах . В Харьковском генетическом центре пишут такой диагноз :ЗПРР, соединительно тушеная диспплазия ,вторичная митохондральная дисфункция.

[KetoDude]

Китайская компания BGI анонсировала первого клиента для своего супер секвенизатора MGISEQ-T7, ценой в $1000000. Им стала другая китайская компания - WeGene. Будем надаятся, что им удастся создать конкуренцию Illumina и еще больше понизить цены на полноэкзомные/полногеномные исследования.

http://www.bio-itworld.com/2019/01/11/MGI-announces-first-customer-mgiseq-t7-complete-genomics-.asp

Сейчас полногеномный анализ в BGI стоит $600 (WGS 30x).

[Aleksandra93]

Добрый день. Возможно вы поможете нам. У меня ребенок 3.9года СДВГ и Аутизм. Жуткая гиперактивность, на БГБК диете,плозо понимает речь. Сдали кариотип нарушений нет. Подскажите, пожалуйста, какие анализы посоуетуте сдать и будет ли для нас информатика тест Эми Яско? Заранее благодарна.

Сейчас генетико делает панель аутизм за 20 тысяч. У них независимое исследование детей с РАС. Я бы к ним обратилась, они заинтересоыаные лица