Генетика

[ФЕЯ]

Генетика
ПОЛЕЗНАЯ ИНФОРМАЦИЯ!

АРХИВ 2009-2014 г.
АРХИВ 2015 год
АРХИВ 2016 год

Наиболее информативные анализы на генетику:


Молекулярное кариотипирование известное также как хромосомный микроматричный анализ или сравнительная геномная гибридизация (CGH) является революционным методом исследования генома. Она была разработана для выявления аномалий ДНК, известных как  вариации числа копий генов, не обнаруживаемые другими традиционными цитогенетическими методами, такими, например, как обычное кариотипирование или флуоресцентная гибридизация in situ (FISH).

Вариации числа копий генов это потеря геномных участков (делеции) или в присутствие дополнительных копий сегментов ДНК (дупликации/амплификации).
Эти аномалии ДНК могут вызвать различные заболевания, такие как множественные врожденные пороки развития, умственную отсталость, аутизм, эпилепсю и рак.

Использование молекулярного кариотипирования позволяет обнаружить структурные несбалансированные хромосомные перестройки меньшие, чем те, которые определяются мтодами классицеской цитогенентики.
Хромосомный микроматрисный анализ всего генома обеспечивает  более высокое разрешение (в 100-1000 раз) по сравнению с другими генетическими исследованиями, таких как анализ кариотипа. Это является ценным инструментом для обнаружения вариаций числа копий генов небольшого размера (даже несколько сотен пар оснований). Это позволяет обнаруживато как известные, так и новые микроделеционные и микродупликационные синдромы.

Кроме того, этот метод позволяет точно определить гены, которые находятся в области перестройки и выяснить связь между этими генами и заболеванием.
Молекулярное кариотипирование используется для постнатальной диагностики сложных фенотипов, связанных с умственной отсталостью, множественными врожденными пороками развития. Этот метод, также используется в качестве диагностического метода в пренатальной диагностике.

В настоящее время, молекулярное кариотипирование основанное на технологии хромосомного микроматричного анализа представляет собой важный инструмент в поисках правильного диагноза множества генетических заболеваний.

[eNochka]

@LizaNasty, почему ждать? Обсудили же выше возможный план действий и возможные варианты в вашем случае...

[LizaNasty]

@LizaNasty, почему ждать? Обсудили же выше возможный план действий и возможные варианты в вашем случае...

Да, я написала Михайловой, жду

[Скво]

Подскажите, при найденной мутации в гене (ХМА расширенный ) Геномед должен указывать локализацию? Почему-то в нашем заключении насчёт экзонов расплывчатая информация  (с формулировкой "в зависимости от изоформы"). Они по запросу же должны этот момент  уточнить?

[keepfighting]

Подскажите, при найденной мутации в гене (ХМА расширенный ) Геномед должен указывать локализацию? Почему-то в нашем заключении насчёт экзонов расплывчатая информация  (с формулировкой "в зависимости от изоформы"). Они по запросу же должны этот момент  уточнить?

обычно пишут в каком плече какой локус какой хромосомы поврежден, какой тип мутации (делеция, дупликалиция и т.п.) и какие гены должды быть расположены в этом локусе. потом надо смотреть рецессивные или доминантные наследования заболеваний в этих генах. если есть доминантные то смотреть клинику. если рецессивные то как правило повреждение одного аллеля ничего не значит, т.к. второй нормально собирает белки. скиньте точную формулировку и разберемся.

[keepfighting]

@Мария_45, удачи вам разобраться до конца!

[keepfighting]

@keepfighting, вам Альперса не Дадали ставила? Нам она его влепила категорично и сразу, в присутствии интернов,  при чистом МРТ🙈

не. нам дадали заподозрила синдром патологического накопления железа в гм )) то же серьезная болячка. но сказала что даже рассказывать не будет нам что это такое и что это очень страшное заболевание и она надеется что это не оно. и что за него отвечают 16 генов, а в панель она включила только 8 (мы сразу после получения эпи-панели были у нее, а панели она сама в геномеде корректировала). еще она не сильно хорошо разбирается в мрт, хотя генетикам не помешала бы такая опция. в целом начитанная тетя, но как и все генетики может предполагать много чего ))

[Скво]

Подскажите, при найденной мутации в гене (ХМА расширенный ) Геномед должен указывать локализацию? Почему-то в нашем заключении насчёт экзонов расплывчатая информация  (с формулировкой "в зависимости от изоформы"). Они по запросу же должны этот момент  уточнить?

обычно пишут в каком плече какой локус какой хромосомы поврежден, какой тип мутации (делеция, дупликалиция и т.п.) и какие гены должды быть расположены в этом локусе. потом надо смотреть рецессивные или доминантные наследования заболеваний в этих генах. если есть доминантные то смотреть клинику. если рецессивные то как правило повреждение одного аллеля ничего не значит, т.к. второй нормально собирает белки. скиньте точную формулировку и разберемся.

Это все указано. Вопрос про экзоны.
"Дупликация затронувшая с 1-4 (со 2-6, с 3-7, с 12-16 в зависимости от изоформы) экзоны гена такого-то.
Мне не понятно, почему указали именно так.

[LizaNasty]

@LizaNasty, а в каком гене? Выявляют же не описанные мутации в генах. Мне кажется, сейчас уже более-менее ясно дефект какого гена и в какой части к чему может привести....а там или рыть дальше или клинику смотреть, если рыть технических возможностей нет

Ген SCO 1

[keepfighting]

Подскажите, при найденной мутации в гене (ХМА расширенный ) Геномед должен указывать локализацию? Почему-то в нашем заключении насчёт экзонов расплывчатая информация  (с формулировкой "в зависимости от изоформы"). Они по запросу же должны этот момент  уточнить?

обычно пишут в каком плече какой локус какой хромосомы поврежден, какой тип мутации (делеция, дупликалиция и т.п.) и какие гены должды быть расположены в этом локусе. потом надо смотреть рецессивные или доминантные наследования заболеваний в этих генах. если есть доминантные то смотреть клинику. если рецессивные то как правило повреждение одного аллеля ничего не значит, т.к. второй нормально собирает белки. скиньте точную формулировку и разберемся.

Это все указано. Вопрос про экзоны.
"Дупликация затронувшая с 1-4 (со 2-6, с 3-7, с 12-16 в зависимости от изоформы) экзоны гена такого-то.
Мне не понятно, почему указали именно так.

да написано не обычно. могу ошибаться, но мне кажется тут речь идет об экзонах вовлеченных в альтернативный сплайсинг (процесс создания белка) в разных тканях. надо конкретно читать про данный ген. к примеру каждый ген производит разные формы одного и того же белка (изоформы). есть гены которые создают несколько тысяч разных белков за счет разных комбинаций экзонов. к примеру один и тот же ген в головном мозге создает какой нибудь белок для нейронов, а в поджелудочной какой нибудь фермент для пищеварения (грубо говоря). возможно ваш ген хорошо изучен и участвует в производстве белка данными участками экзонов 1-4, 2-6 и т.п.

вообще я бы смотрел на доминантность и рецессивность. если дупликация в рецессивном, то проблем не будет. если в доминантном, то как я понимаю белка будет "генериться" больше, чем обычно. и как раз вовлеченные участки описанных экзонов могут дать информацию специалистам о том, какой конкретно белок создается в избытке. как то так.

думаю, Надежда подскажет более грамотно.

[Скво]

@keepfighting, да, про сплайсинг вы правы. Далее  в заключении указано, что повышенная экспрессия этого гена наблюдается в клетках сетчатки глаза и сердца (а эти органы ну явно не наша основная проблема). И я не понимаю, чем эта информация может быть нам полезна.
Ген CAMTA1 (Calmodulin-binding transcription activator 1), вроде и не мало про него написано, но с пометкой, что его функция в значительной степени неизвестна, данных о функциональной роли недостаточно и т.п.
Наследование доминантное,  ген точно "наш" - клиника совпадает на 90%, но есть несколько нюансов "не укладывающихся". Наш случай сложнее, чем описанные на данный момент.
Естественно хочется знать точные номера затронутых экзонов, врач сказала, напишет запрос в Геномед. Но опять же, я не очень понимаю, каким способом они будут это уточнять?  почему, если это было возможно, сразу в заключении не указали?

[keepfighting]

@keepfighting, да, про сплайсинг вы правы. Далее  в заключении указано, что повышенная экспрессия этого гена наблюдается в клетках сетчатки глаза и сердца (а эти органы ну явно не наша основная проблема). И я не понимаю, чем эта информация может быть нам полезна.
Ген CAMTA1 (Calmodulin-binding transcription activator 1), вроде и не мало про него написано, но с пометкой, что его функция в значительной степени неизвестна, данных о функциональной роли недостаточно и т.п.
Наследование доминантное,  ген точно "наш" - клиника совпадает на 90%, но есть несколько нюансов "не укладывающихся". Наш случай сложнее, чем описанные на данный момент.
Естественно хочется знать точные номера затронутых экзонов, врач сказала, напишет запрос в Геномед. Но опять же, я не очень понимаю, каким способом они будут это уточнять?  почему, если это было возможно, сразу в заключении не указали?

да лучше вопросы в геномед задать, должны прояснить

а вообще клиника на 100% и не должна же совпадать (она может только на 10% совпасть с описанием случаев). поэтому и пишут что какого то проявления может и не быть или бывает не часто и т.п.

[eNochka]

@Скво, так ведь в заключении же написано, что в зависимости от изоформы белка экзоны такие-то. Как точнее они ответят? Если только изоформы перечислят теперь и по ним конкретные экзоны...
И ведь вам позиция дупликации на хромосоме известна - она же указана в заключении? По идее, генетику должно быть достаточно этой информации. Может быть, вам стоит у кого-то из московских генетиков проконсультироваться?
А родителей на эту дупликацию проверяли? Или она однозначно патогенная и известная?

Вот здесь в верхней части окна перечислены транскрипты этого гена (рядом с названием гена "полосочки") - "матрицы", по которым белок синтезируется потом, там видно, что их несколько.
там же есть информация по Copy number variants в этом гене, если нужно (по ним можно щелкать, смотреть какие гены захватывают, с какой клиникой связаны - если связаны):
https://genome.ucsc.edu/cgi-bin/hgTracks?db=hg19&lastVirtModeType=default&lastVirtModeExtraState=&virtModeType=default&virtMode=0&nonVirtPosition=&position=chr1%3A6845384%2D7829766&hgsid=592021777_IALR5aTAes2IEamPvruw5YkGFaeJ

можно по транскриптам щелкать и смотреть по ним информацию, в т.ч. позицию, с какой цепи, количество экзонов и где белок в основном экспрессируется - судя по графикам, больше всего в мозге этого белка.
https://genome.ucsc.edu/cgi-bin/hgGene?hgg_gene=uc009vmf.3&hgg_prot=uc009vmf.3&hgg_chrom=chr1&hgg_start=7804894&hgg_end=7829766&hgg_type=knownGene&db=hg19&hgsid=592021777_IALR5aTAes2IEamPvruw5YkGFaeJ

https://genome.ucsc.edu/cgi-bin/hgGene?hgg_gene=uc001aoj.3&hgg_prot=uc001aoj.3&hgg_chrom=chr1&hgg_start=7796403&hgg_end=7829766&hgg_type=knownGene&db=hg19&hgsid=592021777_IALR5aTAes2IEamPvruw5YkGFaeJ

https://genome.ucsc.edu/cgi-bin/hgGene?hgg_gene=uc021ofq.1&hgg_prot=uc021ofq.1&hgg_chrom=chr1&hgg_start=6845383&hgg_end=6948261&hgg_type=knownGene&db=hg19&hgsid=592021777_IALR5aTAes2IEamPvruw5YkGFaeJ

и т.д.

Да и по клинике в omim тоже ЦНС там в основном

Попробуйте еще здесь вопрос по вашей дупликации задать (вроде бы кому-то отвечали):
http://genschool.ru/ask/

[буше]

Девочки, подскажите пож где можно сдать анализ на фермент тризофосфатизомеразу в тканях эритроцитов и на фермент дигидрокциацитон фосфат? В геномеде не делают, в Замоскворечье то же. Заграница.. но куда? Подскажите кто в теме куда сдать кровь.Плиз.

[Мария Violet]

@буше, в МГНЦ на Москворечье тоже не делают?

[буше]

нет не делают