Генетика

[ФЕЯ]

Генетика
ПОЛЕЗНАЯ ИНФОРМАЦИЯ!

АРХИВ 2009-2014 г.
АРХИВ 2015 год
АРХИВ 2016 год

Наиболее информативные анализы на генетику:


Молекулярное кариотипирование известное также как хромосомный микроматричный анализ или сравнительная геномная гибридизация (CGH) является революционным методом исследования генома. Она была разработана для выявления аномалий ДНК, известных как  вариации числа копий генов, не обнаруживаемые другими традиционными цитогенетическими методами, такими, например, как обычное кариотипирование или флуоресцентная гибридизация in situ (FISH).

Вариации числа копий генов это потеря геномных участков (делеции) или в присутствие дополнительных копий сегментов ДНК (дупликации/амплификации).
Эти аномалии ДНК могут вызвать различные заболевания, такие как множественные врожденные пороки развития, умственную отсталость, аутизм, эпилепсю и рак.

Использование молекулярного кариотипирования позволяет обнаружить структурные несбалансированные хромосомные перестройки меньшие, чем те, которые определяются мтодами классицеской цитогенентики.
Хромосомный микроматрисный анализ всего генома обеспечивает  более высокое разрешение (в 100-1000 раз) по сравнению с другими генетическими исследованиями, таких как анализ кариотипа. Это является ценным инструментом для обнаружения вариаций числа копий генов небольшого размера (даже несколько сотен пар оснований). Это позволяет обнаруживато как известные, так и новые микроделеционные и микродупликационные синдромы.

Кроме того, этот метод позволяет точно определить гены, которые находятся в области перестройки и выяснить связь между этими генами и заболеванием.
Молекулярное кариотипирование используется для постнатальной диагностики сложных фенотипов, связанных с умственной отсталостью, множественными врожденными пороками развития. Этот метод, также используется в качестве диагностического метода в пренатальной диагностике.

В настоящее время, молекулярное кариотипирование основанное на технологии хромосомного микроматричного анализа представляет собой важный инструмент в поисках правильного диагноза множества генетических заболеваний.

[Скво]

@eNochka, спасибо.
Указана хромосомная локализация (1р36.23), потом цифры 7757232-7799384 (это что, я никак не пойму  :uhm: ) и размер 42152. Все.  Т.е. если я правильно поняла, то позиция как раз и не указана?
Мы, родители, не проверялись, на Клинваре патогенной считается дупликация с вовлечением 3-5-го экзона (а у нас получается 3 варианта из 4х, что он вовлечен). Ну и с учетом, что заболевание описано как аутосомно-доминантное, а у нас все другие члены семьи и близко не имеют подобной клиники, мутация de novo самая вероятная причина. Не вижу смысла нам его сдавать.

[eNochka]

@Скво, если эта дупликация есть у кого-то из родителей при отсутствии у них клиники, то она не патогенна.
Для SNP в т.ч. с этой целью у родителей смотрят.
Для CNV есть отличия, но тоже в определенных случаях это имеет смысл.

потом цифры 7757232-7799384

Это и есть геномная локализация (chr1:7757232-7799384), только у вас же там еще и хромосома указана - первая? И для тех поломок, с которыми вы ее сравниваете в клинваре, их геномную локализацию тоже по идее можно найти.

Вот та же ссылка в ucsc, что я раньше выкладывала, но уже с суженым диапазоном, вашим (ранее там был диапазон всего гена CAMTA1):
https://genome.ucsc.edu/cgi-bin/hgTracks?db=hg19&lastVirtModeType=default&lastVirtModeExtraState=&virtModeType=default&virtMode=0&nonVirtPosition=&position=chr1%3A7757232-7799384&hgsid=592021777_IALR5aTAes2IEamPvruw5YkGFaeJ

Здесь транскриптов уже меньше, т.к. ваша дупликация ближе к концу гена и часть транскриптов "отпала".
Прямоугольники на "линии" транскрипта - это экзоны.

Можно посмотреть какие CNV попали в тот же дипазон - он как раз выведен - щелкнуть по ним, посмотреть что про них известно - посмотрела, практически все они много генов захватывают, ваша же перестройка внутригенная, так что остается, наверное, только то, что вы в omim нашли
Можно и про SNP, которые внутри этого диапазона,  информацию посмотреть, публикации по ним.

Но надо, чтобы с этим генетик разбирался.

[Taty]

Девочки, подскажите пож где можно сдать анализ на фермент тризофосфатизомеразу в тканях эритроцитов и на фермент дигидрокциацитон фосфат? В геномеде не делают, в Замоскворечье то же. Заграница.. но куда? Подскажите кто в теме куда сдать кровь.Плиз.

@буше, Заграница,Иерусалим ,Израиль. Университетская Клиника. В поисковик вбейте данные.

[Скво]

@eNochka, спасибо большое еще раз.
 В гене 23 экзона, если наша дупликация ближе к концу гена, то тогда 3-5 не захвачены? Для меня это все сложно, буду разбираться.
Врач наша на длительном больничном, отправила нас со словами. что будет "изучать литературу", ну и и вообще сама она дама странная.
Теперь вообще не понимаю, что она хотела в Геномеде уточнять....

[eNochka]

@буше,
это список лабораторий  для биохимической диагностики дефицита TRIOSE PHOSPHATE ISOMERASE
(поставьте галочку для "Biochemical" и нажмите sort)
http://www.orpha.net/consor/cgi-bin/ClinicalLabs_Search.php?lng=EN&type_list=clinicalLabs_search_simple_shd&data_id=325&Disease%28s%29/group%20of%20diseases=Triose-phosphate-isomerase-deficiency&title=Triose-phosphate-isomerase-deficiency&search=ClinicalLabs_Search_Simple&ChdId=325&ClinicalLabs_ClinicalLabs_Search_diseaseGroup=TRIOSE-PHOSPHATE-ISOMERASE-deficiency&ClinicalLabs_ClinicalLabs_Search_diseaseType=Pat&ClinicalLabs_ClinicalLabs_Search_GeographicType=null&ClinicalLabs_ClinicalLabs_Search_ClinicalLabsList_Sort=QoS

с дигидроксиацетонфосфатом на orpha.net нашла только это: dihydroxyacetone phosphate acyltransferase -
т.е. это определение фермента, метаболизирующего дигидроксиацетонфосфат, а не определение дигидроксиацетонфосфата
В списке для биохимической диагностики этого фермента только одна лаборатория в Испании
Но непонятно, что на самом деле нужно искать

[буше]

  Спасибо. еще попрошу совета.   При секвенировании полного в геномеде нашли 2 мутации у моего ребенка. Мы сделали подтверждении по сенгеру и подтвердидись в гетерозиготном состоянии. Теперь мы сдали сами родители и тут не понятки. У моего супруга 1 мутация выявилась и она в гетерозиготке и ранее не описанано является патогенной ,  но конечнот это так преподносят в лаборатории, этой мутауии у меня же нет. Вторая мутация нет у супруга ,но есть у меня но в гомозиготном состоянии. Но я то не болею у меня нет клиники что у ребенка. Сомнения у меня то т ли диагноз. И теперь пр совету спецов в геномеде они и попросили что остается только сдавать кровь на те ферменты чтот я ранеее писала выше и  огда если один повышен а другой понижен будет тогда значит и впрвду у моего ребенка есть недостаточность тризофосфатизомеразы.  Жила вот эти 2,5 года и думала что унас этот дмагноз теперь думаю может они обманывют этот геномед. Прошу их пересмотреть секвенирование вновь не хотят!

[буше]

Написали Михайловой, но боюсь что отмазку напишит и всё !. живите как хотите.

[eNochka]

@Скво, для этого гена в UCSC описано несколько транскриптов, разных по длине.
И в разные транскрипты попадают разные области гена, хотя частично они пересекаются.

Вот еще здесь структура гена CAMTA1 (в т.ч. по экзонам), но по двум другим базам:
https://genecards.weizmann.ac.il/geneloc-bin/exon_struct.pl?disp_name=CAMTA1&chr_nr=1

Если хотите, можете заключение в личку прислать. Может быть, если будет больше информации, будет понятнее, о чем речь (про экзоны). А так мне не очень понятно (например, по базам в гене явно больше, чем 23 экзона, а 23 экзона в одном из транскриптов этого гена).

[keepfighting]

@буше, а которая у вас гомозигота случайно не синонимичная замена которую не меняет аминокистлоту?

[буше]

@буше, а которая у вас гомозигота случайно не синонимичная замена которую не меняет аминокистлоту?

я не знаю просто в заключении написано был исследован экзон 1 гена TPI1. Обнаружена нуклеотидная замена потом цифры в гомозиготном состоянии.  Вот эти цифры chr12:6976773А

[keepfighting]

@буше, а в заключении у ребенка? там пишут типа ArgXXXXArg, значит аргинин на аргинин заменяется, но то же мутацией считается. нет подобного?

[буше]

@буше, а в заключении у ребенка? там пишут типа ArgXXXXArg, значит аргинин на аргинин заменяется, но то же мутацией считается. нет подобного?

У нас не аргинин, а тризофосфатизомераза.

[буше]

пишут замена аминокислоты в позиции белка.

[eNochka]

@буше, нужна подробная информация о мутациях, у ребенка и у родителей
Того, что вы пишете, недостаточно

[keepfighting]

@буше, вы меня немного не правильно поняли. в заключении геномеда есть таблицы, в таблице есть столбец, уоторый называется "Положение в кДНК" - вот там какие значения по обоим мутациям?