Генетика

[ФЕЯ]

Генетика
ПОЛЕЗНАЯ ИНФОРМАЦИЯ!

АРХИВ 2009-2014 г.
АРХИВ 2015 год
АРХИВ 2016 год

Наиболее информативные анализы на генетику:


Молекулярное кариотипирование известное также как хромосомный микроматричный анализ или сравнительная геномная гибридизация (CGH) является революционным методом исследования генома. Она была разработана для выявления аномалий ДНК, известных как  вариации числа копий генов, не обнаруживаемые другими традиционными цитогенетическими методами, такими, например, как обычное кариотипирование или флуоресцентная гибридизация in situ (FISH).

Вариации числа копий генов это потеря геномных участков (делеции) или в присутствие дополнительных копий сегментов ДНК (дупликации/амплификации).
Эти аномалии ДНК могут вызвать различные заболевания, такие как множественные врожденные пороки развития, умственную отсталость, аутизм, эпилепсю и рак.

Использование молекулярного кариотипирования позволяет обнаружить структурные несбалансированные хромосомные перестройки меньшие, чем те, которые определяются мтодами классицеской цитогенентики.
Хромосомный микроматрисный анализ всего генома обеспечивает  более высокое разрешение (в 100-1000 раз) по сравнению с другими генетическими исследованиями, таких как анализ кариотипа. Это является ценным инструментом для обнаружения вариаций числа копий генов небольшого размера (даже несколько сотен пар оснований). Это позволяет обнаруживато как известные, так и новые микроделеционные и микродупликационные синдромы.

Кроме того, этот метод позволяет точно определить гены, которые находятся в области перестройки и выяснить связь между этими генами и заболеванием.
Молекулярное кариотипирование используется для постнатальной диагностики сложных фенотипов, связанных с умственной отсталостью, множественными врожденными пороками развития. Этот метод, также используется в качестве диагностического метода в пренатальной диагностике.

В настоящее время, молекулярное кариотипирование основанное на технологии хромосомного микроматричного анализа представляет собой важный инструмент в поисках правильного диагноза множества генетических заболеваний.

[eNochka]

@Ольга70, про эту лабораторию ничего не знаю.

Но пишут, что сертифицированная, хотя я не нашла у них упоминаний про сертификации CLIA и/или CAP (но я не все просмотрела). Для начала хотелось бы точно знать, что есть эти сертификации.
Update: нашла, указаны и CAP, и CLIA (внизу страницы):
https://www.dantelabs.com/blogs/news

Цены за секвенирование - да, супер.

В описании платформ, применяющихся в лаборатории, указаны и Illumina (HiSeq, NextSeq и т.д.), и Thermo Fisher (это Ion Torrent), и даже PacBio и BGISEQ...

Так что, все-таки лучше уточнять, что используется для выбранного теста (например, я бы не хотела Ion Torrent для экзома) .

Глубина покрытия 100x для экзома в медицинских целях - и сейчас отлично (по-прежнему считается хорошим от 70х).
Capture Kit у них - Agilent Sure Select (тоже отлично).
Качество заявляется тоже хорошее.
Отчет, который предоставляет лаборатория по ссылке, - явно не тот, что нужен пациенту, т.е. бионформатическую обработку и клиническую интерпретацию придется запрашивать (и оплачивать) где-то еще дополнительно.
Пишут, что доступны raw data по запросу (правда, в одном месте указаны только bam и vcf, а в другом, ниже, написано, что и fastq предоставляют).
fastq нужны обязательно (для биоинформатической обработки данных и их интерпретации в клинической лаборатории)! И клинические лаборатории хотят иметь все доступные сырые данные - в т.ч. для предварительной оценки качества секвенирования по fastq, самостоятельной биоинформатической обработки, оценки покрытия и просмотра "подозрительных" вариантов "глазами".
Только лишь vcf клиническим лабораториям для интерпретации недостаточно.
Ну а запросить можно все (и fastq, и bam, и vcf).

При этом надо предварительно убедиться, что лаборатория, которую вы выбрали для последующей интерпретации, готова принимать fastq из других лаб (не все заграничные клинические лаборатории на это согласны, но у некоторых была в прайсе такая услуга).
В России Геномед принимает файлы fastq для анализа.

30х для генома - тоже хорошо - считается, что достаточно.
Но тоже надо будет забирать сырые данные и запрашивать где-то еще клиническую интерпретацию.

[Iwann]

@eNochka
Надежда, здравствуйте!
Извините, много вопросов.
1. И меня немножко насторожило, что они списком дали оборудование. А чем хуже Ion Torrent?
2. По fastq. У меня, когда я просил NGS-исследователей (связи дцп и эпи) перепроверить наши данные, попросили для начала vcf и сказали, что bam еще попросят если надо. Но видимо хватило vcf.
Vcf – уже ведь отклонения от референсного генома и качество чтений указано. Bam для детального разбора по всем нуклеотидам экзома. А файлы fastq огромные и сырые, с ними могут возникнуть затруднения при передаче.
Должен ли это быть критерий отказа, если лаба fastq не дает (а только vcf и bam)?
Я так понимаю - fastq скорее отражают метод и качество технологии секвенирования, чем передают инфу – он для биоинформатиков, а не для исследователей и врачей. Если речь идет о стандартах лаборатории, где все друг-друга должны с нуля перепроверять, то смысл есть. Т.е. давать заключение только на основании тех данных, в которых 100% понимаешь происхождение.
3. Если исходить из того, что в любом случае будет нужна  дополнительная клиническая интерпретация у другой NGS-лаборатории, то наверное, теряется смысл дешевого секвенирования для особых детей. У этой лабы в default отчете есть список Genes Analyzed for Rare Diseases and Syndromes (1065 total), но этого мало, вы правы.
Я думаю, просто нужно позвонить/написать и спросить – если есть такая-то клиника, ваш тест может помочь ее выявить?
Ведь не выбросят же они данные из отчета, если при аннотировании что-то особое и pathogenic обнаружится.
Написал им с учетом ваших замечаний (учитывают ли клинику, на чем делают и дадут ли fastq)...

[eNochka]

@Iwann,
1. я выше писала не про "хуже", а чего бы лично мне НЕ хотелось. Минусы (и преимущества) есть у каждой технологии, но они разные.
Характерные "ошибки" секвенирования у Ion Torrent - однонуклеотидные инсерции и делеции, а также сложности с определением количества повторяющихся одинаковых нуклеотидов. По качеству - данные в основном хуже, чем у Illumina, например.
И для экзома в медицинских целях мне бы хотелось не Ion Torrent. Хотя эта платформа тоже используется для панелей и экзома.
2. я не отрицаю ваш опыт, но для интерпретации в медицинских целях в клинических лабораториях нужен fastq (они его требуют - и российские, и не российские) - по нему перед интерпретацией оценивают качество представленных данных. Без оценки качества лаборатория не начинает интерпретацию. И биоинформатическую обработку они тоже проводят сами, на своих пайплайнах - чтобы быть уверенными в том, что получат на выходе.
Одного vcf файла для интерпретации недостаточно, т.к. "подозрительные" варианты дополнительно проверяют в bam файле в геномном браузере.
А врачи оценивают найденное биоинформатиками уже после этого.
Это все относится к клинической интерпретации данных пациента.
Исключения, наверное, тоже бывают, когда идут навстречу пациенту или когда врач-генетик сам решил варианты просмотреть в vcf или с кем-проконсультироваться, и ему нужен только vcf...
Но если говорить об интерпретации в сторонней клинической лаборатории c выдачей заключения - как правило, нужны fastq.

А в исследованиях, может быть, и по-другому бывает, и исследования бывают разные. Но я как раз видела такие, где хотели fastq.
Ну и опять же, зачем усложнять себе жизнь в случае, когда можно запросить все данные.

Про сложность передачи fastq - если говорить про экзом, то fastq не сильно больше bam. А fastq заархивированные в gz формате - 2-3-4 Гб каждый (для Illumina, их там 2 на каждый образец - с прямыми и с обратными прочтениями).

Вот с геномом - да, там в любом случае объемы... Но fastq все равно лучше забрать...

3. На мой взгляд, нет, смысл не теряется, если лаборатории, которая секвенирует, можно доверять, и цена устраивает.
И если есть лаборатория, где будет выполнена интерпретация, и ей тоже доверяете.
Но да, телодвижений много, рисков, наверное, тоже больше...

Про отчет из лабы dantelabs я уже писала - он точно не подходит для медицинских целей.
Точнее, все равно нужно дополнительно проводить  интерпретацию данных в клинической лаборатории (выносятся в заключение патогенные, вероятно-патогенные и неизвестного клинического значения (VUS) варианты, которые могут быть связаны с фенотипом, также дают много другой информации, необходимой потом генетикам для оценки найденных вариантов).
А если говорить про геном, а не про экзом, то тем более важна интерпретация в клинической лаборатории.

[Iwann]

Про отчет из лабы dantelabs я уже писала - он точно не подходит для медицинских целей.
Точнее, все равно нужно дополнительно проводить  интерпретацию данных в клинической лаборатории (выносятся в заключение патогенные, вероятно-патогенные и неизвестного клинического значения (VUS) варианты, которые могут быть связаны с фенотипом, также дают много другой информации, необходимой потом генетикам для оценки найденных вариантов).

По первым 2 вопросам понятно, спасибо!
С отчетом все же нужна ясность:
1) Что будет написано в pdf-версии в случае нахождения патогенных (вероятно-патогенных) вариантов связанных с редкими и тяжелыми нарушениями. Я думаю, что пример для скачивания ответа на этот вопрос не дает. Это вопрос к лабе. Если ответят, напишу.
2) Кто его потенциально будет использовать - продвинутые родители, которые сами хотят и могут адекватно сопоставить результаты с клиникой, медработник (и какой медработник) или медлаборатория (как исходные файлы, если ничего не найдут).

[eNochka]

выносятся в заключение патогенные, вероятно-патогенные и неизвестного клинического значения (VUS) варианты, которые могут быть связаны с фенотипом, также дают много другой информации, необходимой потом генетикам для оценки найденных вариантов

@Iwann, про патогенные, вероятно-патогенные варианты и VUS (или указание классов патогенности найденных вариантов), и остальную информацию (в случае, если что-то найдено) - я имела в виду заключение по интерпретации данных в клинической лабе. С заключением из клинической лабы - к генетику.

Лаборатория по ссылке, судя по их отчету, не ищет прицельно такие варианты (вероятно-патогенные, VUS), не классифицирует варианты по ACMG, не ищет по ним статьи, не сопоставляет данные по базам, не дает по ним необходимой информации, и не учитывает никак фенотип. Независимо от того, что они ответят - информация в их отчете не та, что нужна пациенту без диагноза - которому нужно готовое заключение, с которым он собирается идти к генетику.
Поэтому ценность их тестов только в получении качественных сырых данных. Которые потом дополнительно надо где-то интерпретировать.

И вас же, наверное, геном интересует? В этом случае особенно важно, кто и как интерпретирует.

Давайте, может, в личке дальше обсуждать... Только могу отвечать с большими задержками.

[Ольга70]

@eNochka, Может не надо в личке? Думаю, многим будет интересно. Для себя хотелось понять, куда потом идти с сырыми данными и не будет ли это дороже, чем сделать секвенирование Центогене? Если отчет в лаборатории не полный. Спасибо!

[Скво]

Кто-нибудь знает фирмы, которыми можно отправить биоматериалы заграницу в сосуде Дьюара? 
У DHL нет таких.

[eNochka]

@Ольга70, медицинского отчета в этой лаборатории, можно считать, что вообще нет.

И если денег хватает, лучше делать в одном месте - в клинической лаборатории, там где будет и полноценная клиническая интерпретация.

Остальные варианты не от хорошей жизни, только если иначе не получается.

В России сырые данные для биоинформатической обработки и интерпретации принимал Геномед (стоимость около 15 тыс. руб или около этого).
Многие заграничные лаборатории НЕ принимают чужие сырые данные для интерпретации, т.е. надо еще найти ту, которая принимает (и найти надо до того, как будет заказано секвенирование)... Находила когда-то давно несколько, контактов не сохранилось.
P.S. Вот здесь пишут, что возможна интерпретация - http://www.egl-eurofins.com/tests/EXINT
Цен не знаю, подробностей не знаю

В Сентогене стоимость повторной интерпретации их же данных была около 600 евро (это стоимость только интерпретации, без биоинформатической обработки - т.к. в случае повторной интерпретации она уже есть). Чужие данные они, кажется, не принимали.

[eNochka]

Ссылка на русскоязычный документ (методические рекомендации московского орфанного центра) с кратким описанием некоторых основных болезней обмена (основные черты, на что обращать внимание):
http://alfa-endo.ru/attachments/download/selektivnii_skrining_na_nasledstvennie_bolezni_obmena_veschestv_metodicheskie_rekomendacii_16-60.pdf

Из этого же документа:

"ПОКАЗАНИЯ К ПРОВЕДЕНИЮ СЕЛЕКТИВНОГО СКРИНИНГА НА НАСЛЕДСТВЕННЫЕ БОЛЕЗНИ ОБМЕНА:
Для проведения селективного скрининга на НБО направляются дети в возрасте до 18 лет при выявлении одного из основных критериев (симптомов) либо двух и более дополнительных критериев (симптомов):
Основные критерии (симптомы):
1.   Внезапное ухудшение клинического состояния ребенка после периода нормального развития (сутки, недели, месяцы):
•    острая метаболическая энцефалопатия,
•    летаргия,
•    судороги, резистентные к антиэпилептической терапии.
2    Гепатомегалия (гепатоспленомегалия).
3    Метаболический ацидоз.
4    Множественные переломы.
5    Детская смертность в семье от заболеваний со сходными симптомами.
Дополнительные критерии (симптомы):
1.    Кардиомиопатия.
2.    Гипогликемия.
3.    Тромбоцитопения.
4    Повышение уровня печеночных ферментов (АлАТ, АсАТ) более чем в 1,5 раза от нормы.
5    Повышение уровня креатинфосфокиназы (КФК) более чем в 2 раза от нормы.
6    Снижение уровня щелочной фосфатазы (ЩФ) ниже возрастной нормы.
7.    Метаболический алкалоз.
8.    Повышение кетоновых тел в крови и (или) моче.
9.    Аномальный запах мочи, тела, ушной серы, любой необычный запах.
10.    Нарушения роста волос, алопеция.
11.    Резистентные к терапии судороги.
12.    Костно-суставные аномалии (тугоподвижностъ суставов, деформация грудной клетки,рахитоподоАные изменения).
13.    Грыжи (пупочная, пахово-мошоночная).
14.    Частые срыгивания (рвота).
15.    Дистонии, гиперкинезы.
ДАЖЕ ЕСЛИ У ПАЦИЕНТА НЕТ НИ ОДНОГО ИЗ ПЕРЕЧИСЛЕННЫХ В ПРИКАЗЕ КРИТЕРИЕВ, НО КЛИНИЧЕСКИЕ СИМПТОМЫ КАЖУТСЯ НЕОБЫЧНЫМИ, НЕ УКЛАДЫВАЮТСЯ В СТРУКТУРУ СТАНДАРТНОГО ПРОЯВЛЕНИЯ ЗАБОЛЕВАНИЯ, ПАЦИЕНТА НЕОБХОДИМО ОТПРАВИТЬ НА КОНСУЛЬТАЦИЮ К ВРАЧУ-ГЕНЕТИКУ

ПОКАЗАНИЯ ДЛЯ КОНСУЛЬТАЦИИ ВРАЧА-ГЕНЕТИКА
•    Необычный внешний вид больного («гарголоидные» (грубые) черты лица, повышенный порог стигматизации)).
•    Необычные симптомы (жесткие или ломкие волосы, нарушения роста волос, необъяснимое выпадение волос, гипо- и гиперпигментированные пятна на коже, множественные ангиокератомы).
•    Нарушения со стороны опорно-двигательного аппарата (аномалии развития скелета нерахитического происхождения — дизостозы, контрактуры, витамин D-резистентный рахит, частые переломы, нарушение минерализации костной ткани, краниосиностоз).
•    Нарушения органа зрения (вывих или подвывих хрусталика, катаракта, помутнение роговицы, нистагм, кольца Кайзера — Флейшера).
•    Неврологические нарушения (утрата приобретенных ранее навыков, атаксия, глазодвигательные нарушения, в том числе офтальмопарез, птоз, апраксия взора).
•    Множественные врожденные пороки развития.
•    Отягощенный наследственный анамнез."

[steriks2]

Конечно все рекомендации прямо меткие, но что по факту с ними будут делать генетики, если тут большая половина генетически обследованы и все равно без диагноза. А 80% форумчан, Дадали сказала, что ребенок не генетический ;-)
Улыбаюсь с грустью. Просто уже все это  воспринимается с сарказмом не иначе((

[eNochka]

@steriks2, может быть, здесь найдутся и те, кому интересно и актуально, т.к. периодически такие вопросы в этой теме появляются.
В рекомендациях (файл по ссылке выше) кроме показаний к селективному скринингу на аминоацидопатии и органические ацидурии есть и краткое описание многих наследственных болезней обмена, и оно на русском и в одном месте. Не все готовы искать или читать большие объемы информации или статьи и обзоры на английском.
То, что здесь многие без диагноза, не значит, что и остальным обследоваться не надо...
Выкладывала ссылку и выдержку из документа без сарказма.
П.С. Удалить предыдущий пост не могу, уже недоступен для редактирования. Извините, кого задела.

А по поводу врачей. Рекомендации размещены на сайте-партнере ЭНЦ и указано, что они "предназначены для врачей - педиатров, неврологов, детских эндокринологов, детских кардиологов, гастроэнтерологов, аспирантов и ординаторов, обучающихся по специальности "Педиатрия". Может быть, со временем, врачи будут знать об этом больше...

[Iwann]

@eNochka, Может не надо в личке? Думаю, многим будет интересно. Для себя хотелось понять, куда потом идти с сырыми данными и не будет ли это дороже, чем сделать секвенирование Центогене? Если отчет в лаборатории не полный. Спасибо!

Надежда права, я слишком оптимистично вам написал по поводу отчета. Это небольшой бонус к данным секвенирования. Просто его прогоняют через сервис "Здоровье и долголетие" здесь. https://sequencing.com/wellness-and-longevity. Это выхолощенный, обезличеный, автоматически генерируемый файл. Что-то типа 23andme.

[steriks2]

Надя, я тоже не хотела никого задеть. И я без претензий. Действительно, ты права.

[ЮлиямамаАрины]

Здравствуйте! Моей доче 5 лет. У нас нашли такую же мутацию в октябре 2017. Эпилепсию у нас подтвердили в мае 2017. Анализы сдавали тоже а геномеде.  Эпилептических приступов у нас не было ни разу с судорогами, ребёнок "особый" долго не могли поставить диагноз. Аутизм, аллолия, синдром ретто, после всех этих диагнозов сдали анализ на расширенную умственную панель. На шли мутация в гене CHD2. Хотела бы узнать какая у Вас симптоматикам, что принимаете. Нам рекомендуют посадить ребёнка на крептогенную диету, думаем.

[ЮлиямамаАрины]

Здравствуйте! Моей доче 5 лет. У нас нашли такую же мутацию в октябре 2017. Эпилепсию у нас подтвердили в мае 2017. Анализы сдавали тоже а геномеде.  Эпилептических приступов у нас не было ни разу с судорогами, ребёнок "особый" долго не могли поставить диагноз. Аутизм, аллолия, синдром ретто, после всех этих диагнозов сдали анализ на расширенную умственную панель. На шли мутация в гене CHD2. Хотела бы узнать какая у Вас симптоматикам, что принимаете. Нам рекомендуют посадить ребёнка на крептогенную диету, думаем